La FA-FPT laisse à chaque structure la liberté de déterminer ses revendications dans son champ de syndicalisation. Ce sont aussi les organisations de base qui déterminent elles-mêmes leur fonctionnement et leurs cotisations. L'adhérent paie directement sa cotisation à son syndicat. La FA-FPT est une organisation nationale représentative qui fonctionne démocratiquement en toute indépendance.